home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00082 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.7 KB  |  36 lines
  1. ***********************************************
  2. * Copper/Zinc superoxide dismutase signatures *
  3. ***********************************************
  4.  
  5. Copper/Zinc superoxide dismutase (EC 1.15.1.1) (SODC) [1] is  one of the three
  6. forms of an enzyme that catalyzes the dismutation of superoxide radicals. SODC
  7. binds one atom each  of zinc and copper.  Various forms  of  SODC are known: a
  8. cytoplasmic  form in  eukaryotes, an additional chloroplast form in plants, an
  9. extracellular form in some  eukaryotes, and a periplasmic form in prokaryotes.
  10. The metal binding sites are conserved in all the known SODC sequences [2].
  11.  
  12. We derived two signature  patterns for this family of enzymes:  the  first one
  13. contains two  histidine residues that  bind the copper atom; the second one is
  14. located in the C-terminal section of  SODC  and  contains a  cysteine which is
  15. involved in a disulfide bond.
  16.  
  17. -Consensus pattern: [GA]-[IFAT]-H-[LIVF]-H-x(2)-[GP]-[SDG]-x-[STAGD]
  18.                     [The two H's are copper ligands]
  19. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  20. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: human complement receptor type 1.
  21.  
  22. -Consensus pattern: G-[GN]-[SGA]-G-x-R-x-[SGA]-C-x(2)-[IV]
  23.                     [C is involved in a disulfide bond]
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  26.  
  27. -Note: these patterns will not detect proteins related to SODC, but which have
  28.  lost their catalytic activity, such as Vaccinia virus protein A45.
  29.  
  30. -Last update: December 1992 / Text revised.
  31.  
  32. [ 1] Bannister J.V., Bannister W.H., Rotilio G.
  33.      CRC Crit. Rev. Biochem. 22:111-154(1987).
  34. [ 2] Smith M.W., Doolittle R.F.
  35.      J. Mol. Evol. 34:175-184(1992).
  36.